La ventilación afecta negativamente la composición del aire y por lo tanto los niveles de CO2. Un invernadero mal ventilado tiene como consecuencia un aumento de humedad, con el consiguiente daño al cultivo.
Se considera una renovación óptima del aire del interior de un invernadero, entre 60-80 renovaciones por hora. Por lo tanto, las ventanas cenitales y laterales son indispensables en cualquier estructura moderna.
La tasa de ventilación aumenta hasta un 25 %, al aumentar la superficie de ventilación de un 6 % a un 15 %.